24 grudnia 1898 roku św. Charbel umiera po kilku dniach choroby, w następstwie paraliżu, który go dotknął 16 grudnia podczas celebrowania Eucharystii.
Ostatnia modlitwa św. Charbela przed śmiercią:
"Ojcze Prawdy, oto Twój Syn, ofiara, która Tobie się podoba. Przyjmij Jego śmierć za mnie. Dzięki niej ja będę ułaskawiony. Oto ofiara. Przyjmij ją z moich rąk, a będę pojednany z Tobą. Pamiętaj nie tylko grzechy, które popełniłem przed Twoim Majestatem. Oto krew, która rozkwitła na Golgocie dla mojego zbawienia i modli się za mnie. Zważ na to, przyjmij moje błagania. Mam na sumieniu wiele grzechów, ale Twoje miłosierdzie jest wielkie. Jeśli położysz je na wagę, Twoje dobro będzie więcej ważyć niż góry największe. Nie zważaj na moje grzechy, ale raczej na to, co zostało złożone za nie, na ofiarę i poświęcenie. Są one większe niż przestępstwa. Bo zgrzeszyliśmy, Jego przebiły gwoździe i włócznia. Jego cierpienia są wystarczające, by zbawić nas. Mam żyć według nich.
Chwała Ojcu, który posłał swego Syna dla nas. Chwała niech będzie Synowi, który wyswobodził nas i zapewnił nam zbawienie. Błogosławiony Ten, który przez Swoją miłość dał życie wszystkim. Jemu niech będzie chwała".