W dniach 21-25 marca 1923 sądzono go w Moskwie w pokazowym politycznym procesie. W jego następstwie, wraz z 14 innymi duchownymi, został skazany na karę śmierci za podżeganie do buntu poprzez zabobony. "Pluję na wasz Sakrament" - krzyczał bolszewicki prokurator Mikołaj Krylenko. Żądając kar śmierci dla sześciu oskarżonych, dowodził: "Paść winien Cieplak, aby wiedziano, że nie ma nikogo, ktoby stał tak wysoko, żeby go nie mogła dosięgnąć sprawiedliwość sowiecka. Paść winien Budkiewicz, jego główny doradca (...).

Na ławie oskarżonych znajdują się nie męczennicy wiary, ale wierni poddani kapitału międzynarodowego przy akompaniamencie dzwonów i śpiewie Ave Maria, wykonujący swoją brudną, kontrrewolucyjną robotę. (…) Wy mi tu nie mówcie o jakimś tam papieżu, którego nie znamy i nie wiadomo, czy znać chcemy. Ja was proszę na inny grunt, pany księdze, do artykułu 62. Oto kara śmierci, która was czeka - tego żądamy".

Procesowi towarzyszyła również propagandowa nagonka, a także liczne potępiające duchowieństwo wiece. W działalność tę aktywnie włączyli się polscy komuniści m.in.: Julian Marchlewski, Julian Leszczyński i Tomasz Dąbal. "Wyrażamy naszą głęboką pogardę arcybiskupowi Cieplakowi i jego towarzyszom i domagamy się surowej kary (...)”. Pod naciskiem światowej opinii publicznej i po ostrzeżeniu ze strony rządu polskiego wyrok wobec biskupa Cieplaka zamieniono na 10 lat więzienia. Ks. Konstanty Budkiewicz został zabity strzałem w tył głowy 1 kwietnia 1923 roku w piwnicy gmachu NKWD przy Łubiance. W 1924 wydalono biskupa Cieplaka z ZSRR. Przez Rygę udał się 12 kwietnia 1924 do Polski.

W 1919 r. został arcybiskupem tytularnym i jako wikariusz generalny zarządzał archidiecezją mohylewską. Aresztowany pierwszy raz w 1920 r. namawiany był do podpisania deklaracji posłuszeństwa wobec władz cywilnych w sprawach związanych z religią. Odmówił, a uwolniony został dzięki protestom ludności. W grudniu 1922 r. na rozkaz Lenina zamknięto wszystkie kościoły Petersburga. Wtedy abp Cieplak wraz z ks. prał. Konstantym Budkiewiczem i trzynastoma innymi został wezwany do Moskwy i ponownie aresztowany. Osadzono ich w więzieniu na Butynkach i zarzucono łamanie dekretu w rozdziale Kościoła od państwa, działalność skierowana przeciwko dyktaturze proletariatu, dążenie do obalenia władzy robotniczo-chłopskiej itp. w dniach 21-25 marca 1923 r. odbył się w Moskwie proces duchownych. Właśnie wtedy skazano na śmierć abp. Jana Cieplaka i ks. Budkiewicza. Rząd Polski wraz z gen. Sikorskim i Stolicą Apostolską interweniowały osobiście u Lenina o uwolnienie skazanych. Prośby te rozpatrywał Feliks Edmundowicz Dzierżyński, a nadzorował Józef Stalin. Dzięki interwencji służb dyplomatycznych wielu krajów, wyrok skazujący Arcybiskupa zamieniono na karę 10 lat ciężkiego więzienia. Ks. prał. Budkiewicza nie udało się uratować. Został rozstrzelany. Arcybiskup został odizolowany od innych więźniów. W Butykach zabójstwa więźniów bez sądu odbywały się tu bardzo często. Od rana do nocy rozlegały się tu najobrzydliwsze przekleństwa i bluźnierstwa. Roje robactwa nie pozwalały spać. W większych celach panował niemożliwy zaduch, gdyż załatwiano w nich swe naturalne potrzeby. Mimo 60 lat i różnych schorzeń, które nabył podczas trzykrotnego pobytu w więzieniach i męczącej pracy Arcybiskup mężnie znosił wszelkie upokorzenia. "Zdrowie moje w ostatnim czasie chwiać się zaczęło. Drętwieją mi palce u prawej ręki, ćmi mi się w oczach i nie sypiam nocami. W dodatku przeziębiłem się i zaczynam kaszleć. Nie wiem, czy starczy mi sił, by przeżyć tutaj zimę. Lecz niech się dzieje wola Boża" - pisał 27 listopada 1923 r. z więzienia w Butynkach abp. Jan Cieplak. Tekst ten zanim został wysłany był oczywiście poddany cenzurze. Z separatki butyrskiego więzienia Arcybiskup trafił na Łabiankę. Było tu ciężej niż w Butrykach. Po roku, w kwietniu, został zwolniony i w łachmanach odstawiony do granicy łotewskiej. Zgotowano mu uroczyste przyjęcie. Witały go tłumy wraz z władzami odrodzonej Rzeczypospolitej. We wszystkich miastach, wsiach na trasie przejazdu "świętego biskupa", jak go nazywano powszechnie, gromadziły się rzesze Polaków. Budowano bramy powitalne, śpiewano pieśni patriotyczno-religijne.